Pesantren Mafaza Indonesia adalah salah satu lembaga pendidikan tingkat SMP dan SMA yang bernaung di bawah Yayasan Mafaza Indonesia. Selain Pesantren Mafaza Indonesia, terdapat juga lembaga pendidikan di bawah Yayasan Mafaza Indonesia, yaitu SDIT Imam Bukhari, SMPIT & Pesantren Imam Bukhari yang berlokasi di Jatinangor Sumedang.

Pesantren Mafaza Indonesia telah didirikan sejak tahun 2019 dan bekerjasama dengan lembaga pendidikan lain dalam penyusunan kurikulum yaitu, SMPIT-Pesantren Imam Bukhari, SMA Future Gate Bekasi.  Pendirian Pesantren Mafaza Indonesia berawal dari kebutuhan Pesantren Imam Bukhari untuk memfasilitasi minat dan keinginan masyarakat terhadap layanan pendidikan berbasis pesantren di Pesantren Imam Bukhari yang terus bertambah drastis, namun kondisi sarana dan lahan di Jatinangor sudah sangat terbatas dan tidak memungkinkan pembangunan yang lebih besar.

Para Pembina beserta pengurus  Yayasan Mafaza Indonesia melakukan musyawarah mufakat dan menghasilkan keputusan untuk mendirikan pesantren baru yang berlokasi di luar Jatinangor Sumedang. Berdasarkan keputusan tersebut maka lahirlah Pesantren Mafaza Indonesia khusus putra tingkat SMP dan SMA yang berlokasi di Cibiuk, kabupaten Garut.